Mahepõllumajandus põhineb suurel määral kohalikel ressurssidel ning sõltub ökoloogilise tasakaalu säilitamisest ja bioloogiliste protsesside optimaalsest toimimisest. Kõigil agroökosüsteemis elavatel looduslikel liikidel on oma roll. Mahetootmise edukus sõltub mulla mikroorganismide, vihmausside, kahjurite looduslike vaenlaste, tolmeldajate ja muu elustiku tegevusest.

Teadusuuringutes on mahepõllumajanduse eelised elustiku liigirikkuse ja maastikulise mitmekesisuse osas võrreldes tavapõllumajandusega hästi dokumenteeritud. Kuigi Eestis on tehtud vaid üksikuid sellelaadseid teadustöid, võib nii Euroopas kui ka mujal teostatud uuringutest leida andmeid selle kohta, et mahetaludes on maastik mitmekesisem ja elustik arvukam ja liigirikkam, nii putukate, ämblike, lindude ja pisimetajate osas. Suurem on ka botaaniline liigirikkus.

Bioloogilise ja maastikulise mitmekesisuse olulisust rõhutatakse ka IFOAMi mahepõllumajanduse standardites, kus on sätestatud vastavad nõuded. Euroopa Liidu ja Eesti mahepõllumajandust puudutavates õigusaktides selliseid nõudeid otseselt pole. Iga mahetalunik saab mahepõllumajanduse kui keskkonna- ja loodussõbraliku tootmisviisi edendamiseks midagi ette võtta.

Mahepõllumajandus aitab loodusliku mitmekesisuse säilitamisele ja suurendamisele kaasa kõikidel eristatavatel tasanditel, kui me neid võimalusi teame ja nii looduse kui ka enda huvides kasutame. Positiivse mõju tingib juba mahetootmise nõuete järgimine – loobumine sünteetilistest agrokemikaalidest, orgaanilise väetise kasutamine, mitmekesiste külvikordade kasutamine.

Ökoloogilist printsiipi, et keerukam ja mitmekesisem agroökosüsteem on stabiilsem, tuleb arvestada ka tootmises. Põllud ei tohiks olla liiga suured, külvikorras peaks olema palju liike ja erinevaid  sorte, on soovitav pidada mitut liiki loomi. Eri liikide ja sortide kasvatamine aitab vähendada teatud määral ka põllumehe riske, kuna nende kasvutingimused ja kahjurid on erinevad. Kui ühele liigile või sordile on aasta ebasoodne, võib see teisele olla soodne. Ületalve püsivate kultuuride kaasamine külvikorda annab talvituspaiga paljudele kasulikele putukatele. Mitme loomaliigi pidamine aitab rohusööta võimalikult hästi väärindada ja talu toiteaineringlusse tagasi suunata.

Lisaks bioloogilisele mitmekesisusele saab mahepõllumajandus kaasa aidata ka geneetilise mitmekesisuse säilimisele.
Eesti oma kohalike ohustatud tõugude (eesti maakari, eesti hobune, tori hobune, eesti raskeveohobune ja ka praegu tõuna tunnustamata maalammas) samuti  kohalike taimesortide (nt rukis “Sangaste”, kartul “Jõgeva kollane”) kasvatamine aitab omal moel  säilitada ka meie kultuuritraditsioone. Vanad tõud ja sordid on meie tingimustega hästi kohastunud. Neid kasvatatakse aga järjest vähem, sest nende toodang jääb tihti alla uutele tõugudele ja sortidele, mis enamasti on välismaalt sisse toodud. Eesti maakarja toodangunäitajad võivad küll alla jääda teistele tõugudele, kuid samas on tema piima valgu-, laktoosi ja rasvasisaldus suurem, ta on vastupidavam ja looduslikele rohumaadele sobivam. 2003.aastal oli  tõuraamatusse kantud puhtatõulisi eesti maakarja lehmi järel alla neljasaja.

Rohumaade majandamisel on kõige olulisemad niitmisaeg ja –meetodid. Kuigi niitmisaja edasilükkamine kahandab sööda kvaliteeti, võiks vähemalt looduslikel rohumaadel ja osadel vähemproduktiivsetel püsirohumaadel linnukaitselistel eesmärkidel niitmist alustada alates juuli algusest. Niita tuleks keskelt lahku või servast serva, kindlasti mitte servast keskele, sest nii saavad linnud ja loomad traktori eest pageda ega hukku.

Rohumaadest on suurima liigirikkuse ja maastikulise väärtusega pool-looduslikud kooslused. Need on loodusliku elustikuga kooslused, mida on kestvalt niidetud või karjatatud: puisniidud, loopealsed, ranna-, lammi-, aru-, soo- ja soostunud niidud ning puiskarjamaad. Et nende koosluste teke on seotud meie rahvuskultuuriga, nimetatakse neid ka pärandkooslusteks. Eriti liigirikkad on puisniidud, kus ühelt ruutmeetrilt on leitud kuni 76 taimeliiki. Lisaks rikastavad nad maastikupilti ja annavad mitmekesist loomasööta.

Varasematel aegadel olid pool-looduslikud kooslused Eestis väga levinud. Viimase poolsajandi jooksul on aga suuremal osal neist traditsiooniline majandamine lakanud. Sellega kaasneb nende kinnikasvamine ja märkimisväärne liigilise ja maastikulise väärtuse vähenemine.

Siiani niidetud ja karjatatud koosluste majandamist tuleks kindlasti jätkata. Neid, mis on kasutusest välja jäänud tuleks võimalusel taastada. Kindlasti ei tohi pool-looduslikke kooslusi üles künda ega väetada, sest seeläbi häviks neile omane aastakümnete, sageli aastasadade jooksul väljakujunenud liigirikkus. Olenevalt kooslusest on selle väärtuse säilimiseks vajalik kas niitmine või karjatamine. Niitmist ei tohiks alustada enne juulikuud linnukaitselisest seisukohast. Hilisema niitmise korral jõuavad paljudel taimedel ka seemned valmida.

Niidetud hein riisutakse ja veetakse ära. Järgnevalt mõned hooldamissoovitused:
•Puisniidu taastamiseks tuleks hõrendada puistut ja raiuda võsa, hooldamiseks hoida puistu hõre ja niita vähemalt üks kord aastas.
•Lamminiidu, soostunud ja sooniidu, aruniidu taastamiseks puhastada ala võsast, hooldamiseks niita keskelt-lahku või servast-serva meetodil vähemalt üks kord aastas.
•Loopealse ehk alvari taastamiseks raiuda välja puid ja harvendada põõsaid, hooldamiseks karjatada loomi ning säilitada hõre põõsastu.
•Rannaniidu taastamiseks puhastada ala võsast ja pilliroost, hooldamiseks karjatada. Kui karjatamine pole võimalik, võib rannaniitu niita .
•Puiskarjamaa taastamiseks hõrendada puistut ja põõsastut, hooldamiseks karjatada.

Põllumajandusmaastikus leiduvad metsatukad, hekid, üksikud puud, puudegrupid, märgalad, tiigid, kiviaiad, kivi- ja kännuhunnikud, kivikülvid, üksikud rändrahnud jms on elupaigaks paljudele taimedele, putukatele, roomajatele, pisiimetajatele ja lindudele. Lisaks sellele mitmekesistavad nad maastikupilti. Oma talu maadel peaks eeskätt säilitama olemasolevad maastikuelemendid. Maastikulist mitmekesisust saab ise suurendada rajades näiteks mitmeaastase taimestikuga põllupeenraid, põõsasribasid, märgalasid või taastades kiviaedu.

Mitmeaastase taimestikuga liigirikastel ribadel põldude servades ja nende vahel on nii ökoloogiline, põllumajanduslik kui ka esteetiline väärtus. Nad on olulised elupaigad paljudele looma- ja linnuliikidele, näiteks röövtoidulistele  putukatele ja ämblikele, kes aitavad kahjureid põllul kontrolli all hoida. Suurtel põldudel vähendavad sellised ribad mullaerosiooni ja aitavad seega säilitada mullaviljakust. Liigirikkad põllupeenrad pakuvad ka silmailu, kui seal on taimeliike, mille õied on eri värvi ja mis õitsevad eri aegadel.

Mitmeaastase taimestikuga riba peaks olema kõigi põldude servades. Suuremate põldude puhul on soovitav see jätta või rajada ka kõigi külvikorra väljade servadesse. Väljade piirid peaksid aga jääma samaks, sest sellist põllupeenart pole mõtet rajada üksnes paariks aastaks, vaid pikemaks ajaks.

Soovitatav on külvata kohalike looduslikult kasvavate liikide segu. Kõrgemakasvuliste liikide domineerimise ärahoidmiseks tuleb rajamisaastal kindlasti niita, isegi kaks korda. Ka järgnevatel aastatel tuleks niita vähemalt kord aastas, see annab madalakasvulistele ja valgusnõudlikele liikidele kasvueelise ning suurendab liigirikkust. Soovitatav on niidetud hein koristada.

Maastikuliselt sobivasse kohta võib rajada mitmeliigilise põõsasriba. Põõsasribaga on hea liigendada suuri põlde, samuti võib neid rajada teeservadesse ja omandi piiride tähistamiseks. Eriti soovitatav on see kohtades, mis piirnevad tavapõllumajandusmaaga. Nii saab ära hoida tavaviljeluses kasutatavate agrokemikaalide kandumist mahemaale.
Mitmetest põõsa- ja puuliikidest koosnevad põõsasribad on olulised elu-või toitumispaigad paljudele lindudele (nt väike-põõsalind, pruunselg-põõsalind, karmiinleevike) ja loomadele (nt siilid, jänesed ja teised pisiimetajad). Põõsasribad on olulised kahjurite looduslike vaenlaste (nt lepatriinud, sirelased) elupaigana, ahvatlevad paljudele tolmeldajatele ja heaks korjealaks mesilastele. Põõsasribad takistavad mullaerosiooni, parandavad põllu mikrokliimat (nt suureneb õhuniiskus, väheneb temperatuuri järsk kõikumine), ühtlasi kaitsevad teede naabruses tolmu ja saasteainete eest.

Et põõsariba ei ole Eestis kuigi traditsiooniline maastikuelement, tuleb rajamiskoha sobivus ja istutatavad liigid põhjalikult läbi kaaluda. Põõsariba tuleb kavandada nii, et see ei mõjuks võõrkehana, vaid moodustaks ühtse terviku olemasolevate metsatukkade, kraavikallaste või muude maastikuelementidega. Arvestada tuleb asukoha reljeefi. Ilusaid vaateid ei tohiks põõsasribadega sulgeda. Suund võiks olla põhja-lõunasuunaline, et vähendada varju ulatust. Põõsasribas peaks olema vähemalt 4-5 kohalikku liiki, istutada võiks ka mõned puud. Eelistada võiks läheduses looduslikult kasvavaid liike. Põõsasribas võiks olla eri aegadel õitsevaid või mingi omaduse poolest dekoratiivseid liike. Esimesel paaril aastal vajab põõsasriba hooldust. Kuni juurdumiseni tuleb taimi kasta. Põõsaid tuleks tagasi lõigata, puuistikuid toestada, väljaläinud taimed asendada ning taimede ümber kasvav rohi niita. Juhul kui põõsasriba piirneb karjamaaga, tuleks esimestel aastatel paigaldada kaitsepiire.

Kiviaiad on traditsiooniliste põllupiiretena levinud eelkõige Lääne- ja Põhja-Eestis ning saartel. Nad on oluliseks elupaigaks paljudele taime- ja loomaliikidele. Kiviaedade taastamisel tuleks kasutada paikkonnale iseloomulikke materjale ja kujundust. Nii taastus- kui hooldustöödeks on sobiv aeg hilissügisest varakevadeni, sest siis häirime elustikku kõige vähemal määral.

Kui põllumajandusmaal leidub tootmiseks vähesobivaid niiskeid kohti, kuhu ei ole kujunenud liigirikast kooslust, võiks sinna kujundada tiigi või märgala. Eelkõige sobib see suurte põllumassiivide mitmekesistamiseks. Tiik on sügavam veekogu osa, kus taimestik üldjuhul üle veepinna ei kasva, märgalana mõistetakse laugete nõlvadega madalaid (alla 0,5 m) veekogusid või veekogu kaldaosi. Tiigi rajamisel võiksid kaldad olla lauged ja kaldajoon võimalikul liigendatud, selle sügavus võiks keskosa suunas astmeliselt suureneda ning sügavamates kohtades ulatuda üle 2 meetri. Tiigi või märgala rajamisel on otstarbekas märgalataimestiku kujunemisele kaasa aidata. Istutamine võetaks ette kevadel ja taimed kogutakse loodusest. Tuleb arvestada keskkonna- ja maaparandusnõudeid. Et vältida tiigi või märgala kinnikasvamist, tuleks vetikate ja veetaimede vohamist piirata (välja riisuda, niita). Eemaldatud taimed tuleb koristadada ning vajadusel eemaldada tiigi põhjasetet. Et ökosüsteemi mitte liialt häirida, tuleks sellised tööd ühel aastal ette võtta mitte rohkem kui poole tiigi ulatuses. Hooldustöödeks sobib kõige paremini sügis.